随后中原军队兵分五路，进至流求首都。流求王率数千部众抵抗，程棱令章镇周为先锋，将其击败。程棱乘胜逐北，至其栅，混渴剌兜背靠栅而排兵。程棱派精锐出击，战斗从辰时至未时，苦斗不息。流求军疲惫，流求王撤军入栅。程棱命令填其沟堑，攻破其栅，程棱等人乘胜攻克了流求国都，杀死流求王，活捉其王子，焚其宫室，虏其男女万余人，满载战利品而还。

此战之后，中原王朝并没有在夷州岛建立统治，但是改变了夷州岛的局势，由于流求国政权灭亡，因此岛上的毗舍那人逐渐强大，流求人则是回到各部各自为政的局面，但是与闽地不时有商业往来。闽地百姓，称呼夷州岛为台员岛，这名字来自于夷州岛当地部落的语言，意思是滨海之地。

林思齐是闽人，对于台员岛也听说过。在程衷纪的建言之下，林思齐觉得台员岛比起澎湖更加适合作为发展事业的基地，于是林思齐带着自己的残兵败将从澎湖出发，于大郯天福六年的八月，他们抵达了台员岛。

当林思齐踏上台员岛的土地时，映入他眼帘的，是一片等待着他来开发的土地。在日和国的失败的沮丧从这一刻起荡然无存。这个岛屿，再次点燃了他的理想。

登岛之后，林思齐随即下令在台员岛上修筑房屋，开垦荒地。正干得欢快的时候，却发现周遭多了大群土著。原来，当地的流求部落听说来了一支船队，还以为毗舍那人又来打劫了，连忙赶来。

这时，林思齐却极其冷静，他耐心劝住了要和对方动手的部下，反而悉心和他们攀谈。几番交谈下，林思齐与当地流求部落首领握手言和，且划定了活动范围。林思齐在台员岛，建立了自己的村落，安顿了下来。

有了一块自己的地盘之后，林思齐发现自己手底下的劳动力太少，开发台员岛显然不够，林思齐又命程衷纪回闽地招人，几个月后程衷纪带来了闽地的三千流民。林思齐的这支垦荒大军，就这样在台员岛站住了脚。

林思齐的此番选择，于他自己而言，是一种无奈的选择。但是对于台员岛的发展来说，却是掀开了新的一页。林思齐知道，经营好了台员岛，就会有一支强大的武装力量，就可以实现他的梦想。他干得很认真。对来台员岛屯垦的大陆人，他分成十个寨子，发放从闽地弄来的稻种，准备在台员岛开始大规模垦荒。

垦荒轰轰烈烈的开始了，但起步却很艰难。种地垦荒，庄稼得到秋收的时候才能长得出来。这中间的苦日子最难熬。但林思齐有办法，没粮食吃，就带着部下去深山里打猎。没钱，就发展和当地部落的贸易。他和当地的部落平等相处，和平贸易，把当地的物产转运到中原内地，换取所需要的物资。经过艰苦奋斗，到了秋天，台员岛的土地终于给了他回馈。

有了粮食之后，林思齐又派程衷纪走遍澎湖三十六岛，劝服澎湖当地的百姓归顺林思齐，以换取林思齐保护他们免受毗舍那人的威胁。在程衷纪的努力之下，澎湖三十六岛的百姓答应了林思齐的条件，愿意让林思齐成为他们的首领。

如此一来，澎湖百姓无人管理的时代宣告结束，林思齐将澎湖百姓中的壮年男子组织起来，派部下在农闲的时候训练他们，以保护地方不受毗舍那人的袭扰，同时在澎湖各地也修了寨子，用于保卫百姓和百姓辛苦种出来的粮食。

除了垦荒和修建城寨之外，林思齐还命自己的手下打造船只，用来发展与中原内地和台员岛周边的贸易，对于各地投奔而来的人一视同仁。在林思齐的努力之下，垦荒的规模逐渐扩大，许多原来跟着高将门和藤垣纯友而四处躲避逃难的日和人，也辗转前来投奔林思齐，还有流求部落之中的一些小部落也加入到颜思齐麾下。

林思齐的实力与日俱增，逐渐他的名声传到了郑曦和郑延政的耳朵里。林思齐为了可以名正言顺统治澎湖和台员，彻底摆脱亦商亦盗的形象，本打算向郑曦称臣，以获得册封，但是郑曦没有理睬他。于是林思齐转而与郑延政取得联络，被郑延政封为将军和夷州刺史，还给林思齐送来一套官服。

当上了刺史，林思齐就有了官方身份，他手底下原来靠海为生的人，就成了官军，程衷纪这个落魄书生也当上夷州别驾，杨生也成为了郎将。有了刺史，手底下就得有县令，林思齐采纳程衷纪的意见，将自己的地盘划分为澎湖县和台员县。

随后，林思齐在两个县分别修建了一所简单的县衙，从此澎湖和台员两地有了县令来管理，至于林思齐的夷州府衙，林思齐暂时选择在台员岛离澎湖比较近的一处港口附近修建，这样方便管理两地。

林思齐在台员和澎湖建立属于自己的统治，但郑延政册封林思齐，是希望林思齐带人袭击郑曦的地盘。林思齐对郑延政的要求虚与委蛇，毕竟他知道自己目前的实力，别说打不过郑曦，恐怕就连郑曦手底下的一个将军都不如。他现在要做的是趁着闽地内乱，继续招募流民垦荒，等到实力进一步壮大，他才能有所动作。