1931年“九·一八”事变，马占山在齐齐哈尔就任黑龙江**代理**兼军事总指挥，率领爱国官兵奋起抵抗日本侵略军。他当众宣布：“倘有侵犯我疆土，及扰乱我治安者，不惜以全力除之，以属我保卫地方之责”。他亲自视察防地，修筑防御工事，积极准备抵御敌人的袭击。此时，以劣绅赵仲仁为代表的亲日派企图劝马占山向日军投降，马占山坚决拒绝，并表示“吾奉命为一省**，守土有责，不能为降将军。”

1931年11月4日晨，在7架飞机掩护下，1300余名日军以保护修桥为名，直趋江桥（嫩江铁桥）中国军队驻地大兴站，驱赶中方修桥人员，迫令守军后撤，并强行抓去中方哨兵3名。中午，又悍然向中国军阵地发起猛攻。马占山当即下令抵抗，全体将士英勇战斗，同敌血战三天二夜，击退了敌人多次进犯。这就是驰名中外的江桥抗战，是中国军队不顾**不抵抗政策而对日本侵略者的第一次大规模抵抗。马占山奋起抗战，深受全国人民称赞，国内各地报纸都以大字标题报导江桥抗战。全国各地群众自动组织慰问团、后援会，捐钱捐物，支援黑龙江省抗战。上海、哈尔滨等地青年学生纷纷投笔从戎，组织“援马抗日团”，参加抗日队伍。

马占山将军江桥抗战十分惨烈，这一仗意义不在胜败，而在于让日本人感觉到中国人的骨气，不愿做亡国奴的热血男儿是存在的，这会让他们在“九一八事变”中遇到不抵抗的中国军队的印象改变，收敛起因此产生的骄横之心。

江桥之战，马将军率黑龙江一省之孤军弱旅，对日本侵略者打出了**军武装抗日的第一枪，坚决抵抗日军的进犯!这一抗日举动极大激发了爱国民众的抗日热情。但最终因敌我力量悬殊，黑龙江军队在没有得到国民政府一枪一弹、一兵一卒的支援下，被迫放弃省城齐齐哈尔，撤至海伦一带休整，以利再战。

江桥抗战的意义不在胜败，而在于让日本人感觉到中国人的骨气，不愿做亡国奴的热血男儿是存在的，这会让他们在“九一八事变”中遇到不抵抗的中国军队的印象改变，收敛起因此产生的骄横之心。

日本侵略者占领东三省大部分地区后，为了建立傀儡政权——伪满洲国，采取各种手段对马占山进行诱降。

马占山屈服于日本侵略者的军事威胁和政治诱惑，于1932年2月降日，就任伪黑龙江省**，3月又任伪满洲国军政部长。马占山降日后，遭到全国人民的反对，日本侵略者对他也不放心，控制很紧，并要编遣他的军队。马占山在此境况下，遂生反正之心。他利用伪**的身份，筹集了一部分军费和军事物资秘密送往黑河等地以备抗日之用。3月末，马占山抓住国联调查团欲到东北的时机，一面调查揭露日本侵略者的罪行，一面秘密布置军事行动。4月1日，他带领亲随200余人离开齐齐哈尔，7日抵达黑河，通电反正，再举抗日旗帜。他随即联合吉林的李杜、丁超和海拉尔的苏炳文，组成东北救国抗日联军，设总司令部于哈尔滨，自任总司令。马占山又传令各县组织义勇军，集中于黑龙江东部各县配合作战。成功击退日本关东军八次围剿，并多次反攻齐齐哈尔，哈尔滨等地；有力打击日寇。经过五个多月的转战，终因孤军无援，伤亡惨重，在国民政府的协调下，于12月7日由满洲里退入苏联境内。

1933年马占山由欧洲回国抵达上海，三次晋见蒋介石请缨抗日；因当时长城抗战吃紧，全军又处于对日全面备战期，未获支持。

1933年6月，马占山寓居天津英租界，同东北爱国人士杜重远、阎宝航、粟又文等人交往甚密。1936年12月赴西安，积极支持**、杨虎城逼蒋抗日，参与了震惊中外的“西安事变”，向**建议“国难关头，勿杀蒋介石”，并在**、杨虎城发表的《对时局宣言》上签名，为全国统一抗战作出重要贡献。

1937年全面抗战爆发后，马占山被任命为东北挺进军司令，兼管东北四省招抚事宜。他亲自率领部队，在绥远一带与日军浴血奋战。他拥护中国**提出的抗日民族统一战线政策，抵制国民党的**磨擦活动，坚持同**人合作抗日。他接受中国**东北特委派遣的一批**员和东北大学学生参加挺进军。**员邹鹏任挺进军司令部中校军械官，栗又文任上校秘书主任。在**人的帮助下，马占山粉碎了国民党特务刘广英等制造的**磨擦活动。

1945年日本**投降后，蒋介石集团为了抢夺抗战胜利果实，设国民党政府军事委员会东北行辕，马占山被任为委员，随后又委任马占山为东北保安副司令长官、松北挺进军司令，企图利用他的名义招纳土匪，扰乱东北解放区，但马占山未去就职，长期避居北平。

1948年底，马占山响应**号召，参与和平解放北平的活动。**北平地下党通过马占山邀请邓宝珊去北平，劝告傅作义放下武器，接受和平。1949年1月上旬，马、邓、傅3人经过多次商议，决定响应和平解放北平的号召，宣布起义。

新中国成立后，马占山寓居北京。1950年11月29日因病去世。终年65岁。